Í Vatnsendaskóla er lögð rík áhersla á fjölbreytta kennsluhætti og einstaklingsmiðað nám. Áhersla er lögð á umhverfis-, rannsóknar- og vettvangsnám. Gildi skólanámskrár byggjast á virðingu, vináttu, samvinnu og skapandi skólastarfi. Sérstök áhersla er lögð á náttúrufræði og raungreinar og útikennsla er ríkur þáttur í skólastarfinu þar sem skólinn er staðsettur í fallegu umhverfi við Elliðavatn. Kennsluáætlanir birtast á mentor og á námsvef skólans.
Í Vatnsendaskóla er litið á hvern árgang sem eina heild. Kennarar árgangsins bera sameiginlega ábyrgð á nemendum og vinna saman að því að skipuleggja nám nemenda. Þetta fyrirkomulag stuðlar að sveigjanleika og býður upp á möguleika að breyta hópum í samræmi við viðfangsefni og aukna samkennslu þar sem það á við. Þannig nýtist styrkur og hæfni starfsfólks nemendum. Nemendum árganga er skipt í mismunandi hópa og lögð er áhersla á að nemendur í sama árgangi kynnist vel og fái tækifæri til að vinna saman. Markmiðið með þessu fyrirkomulagi er að efla félagsþroska og félagsfærni nemenda, auka samkennd og þjálfa nemendur í að vinna með ólíkum einstaklingum að fjölbreyttum verkefnum. Þannig læra nemendur að taka tillit til þarfa hvers annars og verða hæfari til að lifa og starfa í lýðræðis þjóðfélagi. Ýmsar leiðir eru færar til að þjálfa nemendur í þessum þáttum en farsælast teljum við að starfið í skólanum bjóði upp á það mikla samvinnu nemenda að þeir þjálfist í þessum þætti í gegnum raunveruleg viðfangsefni. Sameiginleg ábyrgð á námi og líðan nemenda er grunnurinn í stefnu skólans.
Kennslan er ýmist einstaklingsbundin eða fer fram í hóp, hvort sem er innan bekkjar eða utan. Grundvöllur sérkennslu er greining á námsstöðu og vanda nemandans svo hægt sé að velja námsefni við hæfi. Greiningar geta komið frá kennara, sálfræðingi, sjúkraþjálfara, lækni, talmeinafræðingi, náms- og starfsráðgjafa eða öðrum sérfræðingum. Greiningar og sérkennsla eru ætíð unnin í samráði við forráðamenn barnanna og í góðu samstarfi við umsjónakennara.