Í Vatnsendaskóla er lögð áhersla á umhverfismál. Sérstök áhersla er á endurvinnslu, orkusparnað,náttúruvernd og lýðheilsu.
Í Vatnsendaskóla leggjum við áherslu á að bera virðingu fyrir: 
- Umhverfi okkar
- Auðlindum okkar
- Náttúrunni í kringum okkur
Það gerum við með því að:
- Flokka pappír
- Draga úr pappírsnotkun
- Draga úr notkun á einnota umbúðum
- Setja rusl í flokkunargáma eða sorptunnur
- Endurvinna eins og kostur er
- Endurnýta það sem hægt er
- Draga úr notkun rafmagns með því að slökkva ljós og á rafmagnstækjum
- Láta vatn ekki renna að óþörfu
- Gæta að hitastillingum á ofnum
- Ganga í skólann
- Nota almenningssamgöngutæki í skólann
- Hvetja til að drepið sé á vélum kyrrstæðra bíla
- Nýta nánasta umhverfi skólans til vettvangsferða
- Virða gróðurinn í umhverfi okkar